关于猴痘爆发事件的第五次更新

就在三个小时之前，

巴塞尔巨咖RichardNeher老师及高徒CorneliusRoemer小哥分别发了一篇关于猴痘病毒测序结果的简单分析，

感觉挺有意思，所以花半个小时时间简单聊聊吧。

——请首先品鉴：

如上图，Neher老师表示：

截止今天，市面上已经有30多份本次猴痘爆发事件相关的病毒序列了，足以搞一搞初步分析了；

以上30多份序列，跟年那阵子的直系亲属相比，统统都多出了40多个突变可还行？（当然，这一点咱们已经知道了）

Neher老师又口算了一下，这40多个突变大致就相当于变异速率狂涨了十倍左右（这一点咱们也早就口算过了）

Neher老师继续表示，这40多个突变存在一个内在规律——它们绝大多数都是特定条件下的G-A或者C-T变异（其实这一点咱们也略微提到过一嘴）

——请品鉴啦（图源：Rambaut老师在virological.org发的相关帖子）：

Neher老师接下来撸了撸树，表示以上规律初步表明，这些突变是由宿主的APOBEC3基因编辑机制导致的（这一点咱们又预告过了……）；

Neher老师进一步断定，之所以现在能观察到明显的APOBEC3基因介导突变现象，充分说明了病毒刚刚完成宿主转换，从之前的动物宿主外溢到人类；

鉴于此，Neher老师最后放了颗定心丸，表示这40多个突变大概率不会带给病毒什么明显的功能增益，它们很有可能只是中性突变或者有害突变。

下面咱帮Neher老师简单解释一下：

所谓APOBEC，简单来说就是动物和人都有的一种先天免疫机制，或者可以粗略地理解为一种酶。这种酶能够强制诱导病毒在复制过程中发生某种特定模式的突变，最终导致病毒因突变过多而失活（关于突变过多反而失活的情况，可以参考这篇：）；

不同物种的APOBEC酶不一样，诱导病毒发生突变的具体模式也有区别，比如Neher老师（以及Rambaut老师等多人）提到的特定条件下G-A或者C-T突变，就是人类APOBEC3编辑的罪证；

这也就是为啥Neher老师断定病毒发生了宿主转换……因为这种APOBEC3编辑痕迹很可能只会在人类宿主身上观察到；

对此，Neher老师打了一个形象的比喻——“这40多个突变，不是病毒在发生适应性演化，而更像是人类免疫机制在病毒身上留下的伤疤”~

——请品鉴：

Neher老师身为Nextstrain系顶流巨咖，自然发言以卖定心丸为主，

但他刚刚卖完定心丸，

他麾下高徒Cornelius小哥就紧接着话头卖起了焦虑：

Cornelius小哥表示，为啥这30多个序列能观察到APOBEC编辑的痕迹，而且一来就是40多道伤疤，而之前那么多序列都没有呢？这是为啥呢？

原因在于，APOBEC编辑是一种很强力的抗病毒防御机制，以至于病毒必须想办法废掉这种机制，否则就根本没法感染宿主（举个栗子，比如HIV-1全靠Vif蛋白摆平宿主APOBEC机制，如果Vif缺失的话，人类只凭APOBEC3G一道防线就足以搞死HIV）~

因此，猴痘病毒一定有针对原宿主（比如鼠类）APOBEC的抑制机制，这就是为啥之前咱们看不到APOBEC留下的痕迹；

而现在这30多个序列全都带了明显的APOBEC印迹，那就足以说明，猴痘病毒有可能从年之后就一直在人群中隐秘传播；

并且，既然能观察到这么多被APOBEC打得满身伤疤的病毒序列，那背后就一定有更多得多的被APOBEC直接搞出errorcatastrophe的病毒……

以上换句话说就是，病毒存在强大的适应性选择压；

以上再换句话说就是……

——请品鉴啦：

Cornelius小哥私下表示：一旦完成适应性演化，病毒传染性就有可能暴增

那么这个适应性演化的门槛到底有多高（多低）呢？

咱么继续用上面提到的HIV-1Vif来举例得了：

HIV-1Vif蛋白只需要4个氨基酸变异，

就足以完成从人类到猴子的APOBEC切换~

——最后，请品鉴：

10分钟前，西班牙宣布新增75例确诊病例。

……